Είναι αξιοσημείωτα διαφορετική από τη γυναικεία ουρήθρα, η αρσενική ουρήθρα είναι ένα μυομεμβρανώδες κανάλι, συνήθως 20 εκατοστών, το οποίο προέρχεται από την ουροδόχο κύστη, περνά μέσα από τον προστάτη και, αφού διασχίσει ολόκληρο το πέος εσωτερικά, καταλήγει στην άκρη της βλεννογόνου, ανοίγοντας με το κρέας των ούρων.
Η αρσενική ουρήθρα είναι ο ανατομικός πόρος που εγγυάται την εκκένωση της ουροδόχου κύστης, με τη βοήθεια του εσωτερικού σφιγκτήρα της ουρήθρας και των εξωτερικών μυών του σφιγκτήρα της ουρήθρας, και την αποβολή του σπέρματος, με την υποστήριξη του βολβοσπογγίου και του μύες του ποβοκοκκυγίου.
Η αρσενική ουρήθρα μπορεί να είναι θύμα διαφόρων ιατρικών καταστάσεων, συμπεριλαμβανομένης της υποσπαδίας, της επισπαδίας, των στενώσεων της ουρήθρας, της ουρηθρίτιδας και των ιατρογενών βλαβών της ουρήθρας.
