Ο πεπτιδικός δεσμός είναι ένας ομοιοπολικός δεσμός που δημιουργείται μεταξύ δύο μορίων, όταν η καρβοξυλική ομάδα του ενός αντιδρά με την αμινομάδα του άλλου μέσω μιας αντίδρασης συμπύκνωσης (ή αφυδάτωσης, η οποία οδηγεί - δηλαδή - στην αποβολή ενός μορίου νερού) Το
Συνήθως, ο πεπτιδικός δεσμός σχηματίζεται μεταξύ δύο αμινοξέων, με αποτέλεσμα ένα διπεπτίδιο.
Δεδομένου ότι ένα διπεπτίδιο στο μόριό του εξακολουθεί να περιλαμβάνει μια αμινο και μια καρβοξυ ομάδα, μπορεί να σχηματίσει έναν πεπτιδικό δεσμό με ένα τρίτο αμινοξύ, δημιουργώντας ένα τριπεπτίδιο κ.ο.κ. Όταν ο αριθμός των αμινοξέων είναι σχετικά μικρός ονομάζεται ολιγοπεπτίδιο, ενώ αν ο αριθμός των αμινοξέων αυξάνεται ονομάζεται πολυπεπτίδιο ή πρωτεΐνη.
Στην πραγματικότητα, παρά το σχήμα, ο πεπτιδικός δεσμός δεν είναι απλού τύπου, αλλά έχει 60% φύση μονού δεσμού και 40% διπλό δεσμό.
Στους ζωντανούς οργανισμούς, ο σχηματισμός του πεπτιδικού δεσμού καταλύεται από ένα ένζυμο - που ονομάζεται πεπτιδυλοτρανσφεράση - που υπάρχει στη μείζονα υπομονάδα των ριβοσωμάτων.
Οι πρωτεΐνες που εισάγονται στη διατροφή αποτελούνται επίσης από αλυσίδες αμινοξέων που συνδέονται με πεπτιδικούς δεσμούς. Κατά την πέψη, αυτοί οι δεσμοί διασπώνται από συγκεκριμένα ένζυμα (πεπτιδάσες) που υπάρχουν στο γαστρικό και παγκρεατικό χυμό. Τα μεμονωμένα αμινοξέα, μόλις απορροφηθούν από το έντερο, περνούν από το αίμα και συλλέγονται από τα κύτταρα - ειδικά αυτά του ήπατος - που τα ενώνουν μέσω νέων πεπτιδικών δεσμών για να σχηματίσουν τις πρωτεΐνες που χρειάζονται (όχι μόνο δομικές αλλά και ορμονικές, ενζυματικές) κλπ. Στην πραγματικότητα, στη φύση υπάρχει μεγάλος αριθμός πρωτεϊνών, με διαφορετικά φυσικοχημικά χαρακτηριστικά, οι οποίες προέρχονται από τις διαφορετικές ιδιότητες των 20 συνηθισμένων αμινοξέων και από τον τρόπο που συνδυάζονται στην αλυσίδα των πολυπεπτιδίων. Απλώς σκεφτείτε ότι μια πρωτεΐνη 100 αμινοξέα, επομένως σχετικά μικρά, μπορεί να αποτελείται από 20100 = 1,27 x 10130 πιθανές αλυσίδες πολυπεπτιδίων.Οι οδηγίες για τη δημιουργία της σωστής αλυσίδας αμινοξέων περιέχονται στο γονιδίωμα του ατόμου.