Το pH των κοπράνων είναι κανονικά ουδέτερο ή ελαφρώς αλκαλικό (6,8 - 7,5). Πιο όξινα κόπρανα, φυσιολογικά μόνο στο νεογέννητο, μπορεί να υποδεικνύουν εντερικές λοιμώξεις (Escherichia coli, Ροταϊός) ή πεπτικές διαταραχές, όπως λακτόζη ή δυσανεξία στο λίπος (στεατόρροια λόγω παγκρεατικής ανεπάρκειας ή χολικής στασιμότητας).
Το pH των κοπράνων επηρεάζεται από τις διατροφικές συνήθειες του ατόμου. για παράδειγμα, δίαιτες υπερβολικά πλούσιες σε κρέατα και γαλακτοκομικά προϊόντα κάνουν τα κόπρανα πιο αλκαλικά. Η φθαρμένη εντερική βακτηριακή χλωρίδα, στην πραγματικότητα, κατεδαφίζει τα αμινοξέα που έχουν διαφύγει της απορρόφησης, δημιουργώντας τοξικές και δύσοσμες αμίνες · κατά συνέπεια, το pH των κοπράνων τείνει να αυξηθεί ως αποτέλεσμα της αυξημένης παραγωγής αμμωνίας. Δεν είναι λοιπόν τυχαίο ότι ένα υπερβολικά αλκαλικό pH κοπράνων, συνοδευόμενο από μείωση λιπαρών οξέων βραχείας αλυσίδας (βλέπε βουτυρικό), έχει συνδεθεί με αυξημένο κίνδυνο καρκίνου του παχέος εντέρου.
Εάν το pH των κοπράνων τείνει να αυξηθεί παρουσία σπασμωδικής δυσβίωσης, τείνει να μειωθεί παρουσία ζυμωτικής δυσβίωσης, τα αίτια της οποίας βρίσκονται στην υπερβολική πρόσληψη υδατανθράκων ή σε κακή απορρόφηση των ίδιων ( κοιλιοκάκη). Ακόμη και με την παρουσία «άφθονης πρόσληψης λιπιδίων, σε χορτοφαγικές δίαιτες και σε παρατεταμένη νηστεία, το pH των κοπράνων γίνεται όξινο.
Για να αποφευχθεί η στρέβλωση των αποτελεσμάτων της εξέτασης, τα κόπρανα δεν πρέπει να μολυνθούν με ούρα και πρέπει να καταψυχθούν γρήγορα για να αποφευχθεί η αμμωνία των ούρων και τα σάπια βακτήρια να κάνουν το pH των κοπράνων αλκαλικό.