Η Β-οξείδωση είναι το σύνολο των διαδικασιών που λαμβάνουν χώρα στον άνθρακα στο Β προς το καρβονύλιο.
Το πρώτο ένζυμο στη διαδικασία είναι το "ακυλο συνένζυμο Α αφυδρογονάση που βρίσκεται στην εσωτερική μιτοχονδριακή μεμβράνη και έχει FAD ως συμπαράγοντα ο οποίος ανάγεται σε FADH2 και δίνει την αναγωγική του δύναμη στο συνένζυμο Q (αναπνευστική αλυσίδα). αυτό το ένζυμο καταλύει την αντίδραση που από ένα ακυλοσυνένζυμο Α, οδηγεί στο σχηματισμό του ενωϋλικού συνενζύμου Α (πιο συγκεκριμένα trans 2,3 ενοϋλο συνένζυμο Α) που είναι ένα ακόρεστο σύστημα α-Β (αλκένιο). Το δεύτερο ένζυμο της β-οξείδωσης είναι το "ενοϋλο συνένζυμο Α υδρατάση που μετατρέπει το ενοϋλ σε L-Β υδροξυ ακυλο συνένζυμο Α · αυτό το ένζυμο είναι απολύτως στερεοειδές για το ισομερές L-Β υδροξυ ακυλο συνένζυμο Α.
Η επακόλουθη αντίδραση καταλύεται από το L-Β υδροξυ ακυλο συνένζυμο Α αφυδρογονάση (Εξαρτώμενο από το NAD ένζυμο) το οποίο μετατρέπει το L-Β υδροξυ ακυλοσυνένζυμο Α σε β-κετο ακυλοσυνένζυμο Α. ταυτόχρονα, συμβαίνει η μείωση του NAD + σε NADH.
Τέλος, παρεμβαίνει κάποιος θειολάση (β-κετο ακυλο συνένζυμο Α θειολάση); Η αντίδραση απαιτεί επίσης έναν λυτικό παράγοντα που αντιπροσωπεύεται από το συνένζυμο Α: σχηματίζεται ένα θραύσμα με δύο άτομα άνθρακα (δηλ. το "ακετύλιο συνένζυμο Α) και ο υπόλοιπος ανθρακούχος σκελετός αντιπροσωπεύει ένα ακυλοένζυμο Α (σε σύγκριση με το αρχικό έχει χάσει δύο άτομα άνθρακα ).
Το ακυλο συνένζυμο Α που λαμβάνεται με το Β-οξείδωση, επαναλαμβάνει τη διαδικασία μέχρι να ληφθεί μόνο ακετυλοσυνένζυμο Α.
Σχεδόν απόλυτος κανόνας: όταν συμβαίνει αφυδρογόνωση μεταξύ δύο γειτονικών ατόμων με σαφή διαφορά στη συγγένεια ηλεκτρονίων, ο συμπαράγοντας του ενζύμου αφυδρογονάση είναι σχεδόν πάντα NAD, ενώ, εάν η αφυδρογόνωση συμβαίνει μεταξύ δύο γειτονικών ατόμων συμπεριλαμβανομένου του c "υπάρχει μικρή διαφορά συγγένειας ηλεκτρονίων , ο συμπαράγοντας είναι το FAD.