Η οσμή των κοπράνων συνδέεται κυρίως με σάπια διεργασίες που επηρεάζουν τα αμινοξέα που έχουν διαφύγει από την εντερική απορρόφηση. Αυτά τα θρεπτικά συστατικά στην πραγματικότητα αναχαιτίζονται από τα βακτήρια του παχέος εντέρου, υποβάλλονται σε διαδικασία αποκαρβοξυλίωσης που παράγει τις ακόλουθες τοξικές αμίνες:
αργινίνη → αγματίνη
κυστίνη και κυστεΐνη → μερκαπτάνη
ιστιδίνη → ισταμίνη
λυσίνη ada καδαβερίνη
ορνιθίνη → putrescine
τυροσίνη → τιρατίνα
τρυπτοφάνη → ινδόλη και σκατόλη
Πολλές από αυτές τις ουσίες δίνουν στα κόπρανα μια ιδιαίτερα δυσάρεστη οσμή. Τα κόπρανα γίνονται μάλλον δύσοσμα ακόμη και όταν παραμένουν στο έντερο για μεγάλο χρονικό διάστημα, καθώς και στις προαναφερθείσες περιπτώσεις δυσαπορρόφησης (κοιλιοκάκη, παγκρεατική ανεπάρκεια, εντερικές λοιμώξεις, νόσος του Crohn, ελκώδης κολίτιδα, σύνδρομο βραχέος εντέρου, κυστική ίνωση, ήπαρ ασθένειες και χοληφόρα και γαστρικές ασθένειες που συνοδεύονται από υποχλωριδρία). Όταν η δυσαπορρόφηση είναι κυρίως πρωτεΐνη, η μυρωδιά των κοπράνων είναι ναυτική, ενώ γίνεται οξεία και διεισδυτική όταν μεγάλες ποσότητες μη απορροφημένων ή κακώς αφομοιωμένων σακχάρων και αμύλων φτάνουν στο παχύ έντερο, και στη συνέχεια ζυμώνονται από την τοπική χλωρίδα με την παραγωγή πτητικών λιπαρών οξέων Το
Η διάρροια και τα κόπρανα του χορτοφάγου μυρίζουν άσχημα.
Τα περιττώματα με μυρωδιά ψαριού ή σπέρματος είναι χαρακτηριστικά της δυσεντερίας της μασχάλης, της χολέρας και γενικότερα της βλεννορροίας.
Συνοπτικά, η μυρωδιά των περιττωμάτων επηρεάζεται επομένως από τις διατροφικές συνήθειες (ποσότητα πρωτεΐνης, αρωματικά τρόφιμα όπως σκόρδο ή κρεμμύδια κ.λπ.), από την εντερική βακτηριακή χλωρίδα, από την κατάσταση της υγείας και από συγκεκριμένες συνήθειες (όπως το κάπνισμα ή το μάσημα Σε γενικές γραμμές, η κατανάλωση μικρών και καλά ισορροπημένων γευμάτων, χωρίς τη συσχέτιση μεγάλων ποσοτήτων «ασυμβίβαστων» τροφών (βλέπε διαχωρισμένη διατροφή), βοηθά στη βελτιστοποίηση των πεπτικών διαδικασιών, μειώνοντας την συχνότητα διαταραχών όπως ο μετεωρισμός και ο μετεωρισμός και κόπρανα μια sui generis μυρωδιά.
Κάθε περίπτωση κατά την οποία η άσχημη μυρωδιά των κοπράνων συνοδεύεται από συμπτώματα όπως μαύρα, πίσσα ή χλωμά κόπρανα, παρουσία αίματος στο ίδιο, πυρετός, ρίγη, έντονες κοιλιακές κράμπες, άφθονη παρουσία βλέννας στα κόπρανα και απώλεια βάρους.
